Вскоре после событий Sonic & Knuckles злодей доктор Эггман решает отомстить главным героям — Сонику, Тейлзу и Наклзу — за поражение и разрушение своей космической станции «Death Egg». В это время Соник и Тейлз обнаружили энергетический сигнал, идущий с острова Ангелов. Этим источником сигнала является мистический камень Рубин Иллюзий (англ. Phantom Ruby), сила которого способна контролировать пространство и время. Герои прилетают на остров на самолёте «Торнадо». Однако, неожиданно для них, а также для находившегося на острове Наклза, хранителя Главного Изумруда (англ. Master Emerald), роботы Эггмана добрались до камня раньше, и с его помощью переместили Соника, Тейлза и Наклза в «Green Hill». Кроме того, сила Рубина Иллюзий наделила каждого робота большой силой и уникальными способностями, и они превратились в Hard Boiled Heavies (HBH). Вместе друзья решают помешать злым планам Эггмана и HBH по захвату мира.