Действие Ghost of Y?tei происходит в сельской Японии XVII века — через 300 лет после событий нашумевшей игры «Призрак Цусимы». Главной героиней на этот раз стала одинокая наёмница Ацу, которую терзают призраки прошлого. Движимая жаждой мести, она отправляется в путешествие по живописной дикой местности на севере Японии, чтобы покарать тех, кто много лет назад убил её родных.