Второй сезон мультсериала «Люди Икс '97» продолжает сюжетную линию, в которой команда мутантов оказывается разбросанной по разным эпохам — от Древнего Египта до далекого будущего. Главным антагонистом сезона выступает Апокалипсис, а оставшимся на Земле героям предстоит столкнуться с новым всплеском нетерпимости к мутантам.