В третьем сезоне команда разделяется после основания первой земной колонии. Часть экипажа остается обживать планету, где сталкивается с пугающими тайнами нового мира. Тем временем капитан Гарнет уводит корабль обратно в космос, чтобы найти другие затерянные ковчеги и спасти выживших.